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Rとigraphでなんちゃってネットワーク解析

前回のネタ、
エロゲー類似性ネットワークを複雑ネットワークで解析してみた
のデータ解析方法についてのメモです。

ネットワーク解析をUbuntu Linux上のRigraphを使って行いました。そのときのメモです。

RはSynapticからインストールします。
$ R
と入力するとRが立ち上がります。
R上で、
> install.packages("igraph")
と入力すると、igraphがインストールされます。

続いて、igraphのパッケージを使用します。
> library("igraph")

データファイル(gml形式)の読み込みは、
> g <- read.graph("mygml.gml","gml")
ここで、gmlファイルに
directed 1
を記入しておかないと、有向グラフとみなしてくれないようです。

グラフの可視化は、
> plot(g)
と入力。ただし、ノード数が多い場合は、Cytoscapeとかに任せた方がよいかもしれません。
次数分布は
> plot(degree.distribution(g,mode="in"),log="xy")
のようにします。

ネットワークの特徴的な量は、
ノード数
> vcount(g)
エッジ数
> ecount(g)
平均最短距離
> average.path.length(g)
クラスタリング係数
> transitivity(g)
平均次数
> sum(degree(g))/vcount(g)
です。

他にもいろいろな機能が使えるようです

ここまで、とても簡単で拍子抜けしてしまいました。
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二次元眼鏡少女に蔑まれたいです。

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